Si definisce entità molecolare qualsiasi atomo, molecola, ione, coppia ionica, radicale, ione radicalico, complesso, conformero, ecc., isotopicamente o costituzionalmente distinto, identificabile come un’entità separatamente distinguibile. Questo termine viene utilizzato per indicare genericamente singole entità, mentre il termine “specie chimica” si riferisce a un insieme di entità molecolari dello stesso tipo. Ad esempio un’entità molecolare può essere ad esempio “una molecola di metano”, mentre una specie chimica può essere ad esempio “una mole di metano”. Mentre, sempre nell’esempio in questione, il termine “il metano” può riferirsi ad una singola entità molecolare o ad una specie chimica, a seconda che si intenda una singola molecola di metano o il metano inteso come sostanza chimica. Il grado di precisione utilizzato per descrivere un’entità molecolare dipende dal contesto: ad esempio in certi casi può essere necessario specificare lo stato elettronico o vibrazionale, lo spin nucleare, ecc.