Le sue opere sono notevoli per profondità intellettuale, padronanza dei mezzi tecnici ed espressivi e bellezza artistica. Bach operò una sintesi mirabile fra lo stile tedesco (di cui erano stati esponenti, fra gli altri, Pachelbel e Buxtehude) e le opere dei compositori italiani (particolarmente Vivaldi), dei quali trascrisse numerosi brani, assimilandone soprattutto lo stile concertante. La sua opera costituì la summa e lo sviluppo delle svariate tendenze compositive della sua epoca. Il grado di complessità strutturale, la difficoltà tecnica e l’esclusione del genere melodrammatico, tuttavia, resero la sua opera appannaggio solo dei musicisti più dotati e all’epoca ne limitarono la diffusione fra il grande pubblico, in paragone alla popolarità raggiunta da altri musicisti contemporanei come Telemann o Händel. Nel 1829 l’esecuzione della Passione secondo Matteo, diretta a Berlino da Felix Mendelssohn, riportò alla conoscenza di un vasto pubblico la qualità elevatissima dell’opera compositiva di Bach, che è da allora considerata il compendio della musica contrappuntistica del periodo barocco. A lui è dedicato l’asteroide 1814 Bach e il cratere Bach.