All’interno della cellula eucariota sono presenti vari organelli od organuli, che svolgono differenti funzioni necessarie alla sua sopravvivenza. Gli organelli, assieme al citosol, formano il citoplasma. Durante la mitosi vengono divisi in modo sommario fra le due cellule figlie, perché i mitocondri e i cloroplasti si duplicano da soli. Essi costituiscono ulteriore differenza fra le cellule. Le procariote non possiedono altri organelli che i ribosomi (in realtà i ribosomi non sono definiti organelli, sono particelle o entità biomolecolari). Le cellule animali possiedono il reticolo endoplasmatico (che sostiene la cellula, mentre le cellule vegetali non ne hanno bisogno, perché possiedono la parete cellulare che svolge già questa funzione), i lisosomi mentre sono prive del vacuolo vero e proprio, mentre possiedono introflessioni della membrana omonime e dalla medesima funzione. Le teorie sulla nascita di alcuni organelli sono varie e controverse. Una molto accreditata sostiene che si tratti di organismi a sé stante fagocitati dalle cellule in tempi preistorici che hanno cominciato a vivere in simbiosi con loro, fino a diventarne parte. A favore di questa teoria c’è il fatto che molti organelli (ad esempio i cloroplasti e i mitocondri) sono in grado di dividersi autonomamente.